پژوهشگاه بین المللی المصطفی در سال 1386 پس از تلفیق دو نهاد پژوهشکده سازمان مدارس خارج از کشور و پژوهشکده نور، تأسیس گردید و هم اکنون با شش پژوهشکده مشغول فعالیت می باشد.

پژوهشگاه بین المللی المصطفی (ص) در راستای مأموریت بنیادین جامعه المصطفی العالمیه در تولید علم و اندیشه در حوزه علوم اسلامی و انسانی و پاسخگویی به نیازهای پژوهشی جامعه المصطفی و سایر مراکز علمی – پژوهشی در عرصه بین الملل، تأسیس گردیده است.