با فراگیر شدن فعالیت‌ها و برنامه‌های پژوهشی در سطح اساتید و طلاب المصطفی، نوعی پیچیدگی در برنامه‌ها و سطوح مختلف مدیریت پژوهشی نیز ایجاد شده است. این پیچیدگی و گستردگی، در طول زمان زمینهساز ایجاد برخی چالشها در ارتباط با مسائل پژوهشی مورد نیاز سازمان، اهداف، سیاست‌ها و ساختارهای پژوهشی (مدیریت و اجرا) شده است که به نوبه خود با وجود افزایش کمّی فعالیت‌ها و برنامه‌های پژوهشی و صرف منابع مالی و انسانی، تولید آثار و محصولات با وضعیت مطلوب پژوهش در المصطفی فاصله دارد. بدین ترتیب، همچنانکه در بخش فرهنگی ـ تربیتی المصطفی، «نظامنامه تربیتی» تدوین یافت و در بخش آموزش نیز«طرح تحول نظام آموزشی المصطفی» پیگیری شد، در این مرحله بررسی و بازنگری حوزه پژوهش نیز بایستی مورد توجه قرار گیرد.
با توجه به گستردگی رشته‌های آموزشی، مخاطبان و اهداف المصطفی در حوزه پژوهش و تلاش برای کسب مرجعیت علمی از یک سو، و انجام فعالیت‌ها و تولید محصولات پژوهشی و فاصله نسبی آن با پاسخ‌گویی به نیازهای سازمان از سوی دیگر، ادامه مسیر پژوهشی نیازمند تلاش برای ترسیم و اجرایی‌سازی «نقشه‌ی جامع پژوهش» برای تبیین وضع مطلوب است.
در ترسیم نقشه‌ی جامع پژوهش، تلاش شده است، با احصاء متغیرهای اساسی فعالیتهای پژوهشی المصطفی، راهبردهای مرتبط با آن مورد توجه قرار گیرد. این نقشه کوشیده ضمن ترسیم وضعیت مطلوب با بهرهگیری از نکات ناظر بر پژوهش در اسناد بالادستی المصطفی ، مبنایی را برای برنامه‌ریزی‌های میان‌مدت و بلندمدت پژوهش در المصطفی فراهم کند.
برای ترسیم نقشه جامع پژوهش المصطفی، در این مطالعه، تلاش شده تا با نگاهی آسیب‌شناسانه به وضعیت موجود، از مدل «اجزاء و مؤلفه‌ها» استفاده و بخش پژوهش در 11 متغیر اساسی، تبیین شود و چارچوبی برای ترسیم وضعیت مطلوب فراهم گردد. در عین حال، برای برطرف ساختن چالشهای موجود و نواقص احتمالی، پیامدهای اصلاحی تحلیل اجزاء و مؤلفه‌ها نیز در جدول خاصی تنظیم شود. این اقدام می تواند اثرات کوتاه مدت و میان مدت اصلاحی را نیز برای سازمان در پی داشته باشد.
این مدل، متغیرهای اساسی مأموریت پژوهشی المصطفی را در 11 عنوان احصاء نموده است که عبارتند از: سند راهبردی( راهنما)، ساختار، فرهنگ سازمانی، منابع انسانی، منابع مالی؛اقتصاد خودگردان پژوهش، خدمات پژوهشی، ارتباطات و همکاری های پژوهشی، پشتیبانی و زیرساختهای پژوهشی، آثار، ارزیابی و آمایش.
پس از مشخص شدن متغیرهای اساسی فعالیت پژوهشی المصطفی، اجزاء و مؤلفههای هر متغیر، تعیین شده و راهبردهای تحقق آن مورد توجه قرار گرفته و در ادامه، شاخصهای کمی یا کیفی برای سنجش عملکرد مؤلفه ها تعریف شده است. همچنین کمیتی با عنوان کمیت مطلوب به عنوان استاندارد هر شاخص، درنظر گرفته شده است. کمیت مطلوب، در اجزائی که کمیت پذیر بوده است، استانداردی است که نه لزوماً در یک سال مشخص، بلکه در افق این نقشه بایستی محقق شود. این استاندارد، محصول توجه به وضع موجود، اقتضائات پژوهشی المصطفی و اخذ نظرات متخصصان و نخبگان پژوهشی المصطفی بوده است و میتواند به عنوان مهمترین مبنا جهت برنامه‌های کوتاه مدت و میان مدت پژوهش المصطفی تلقی شود. در پی آن، مبتنی بر راهبردهای مشخص شده، تلاش شده تا اقدامات لازم جهت اجرایی شدن این راهبردها و تحقق کمیت مطلوب ـ در مواردی که دارای کمیت مطلوب است ـ تعیین شود.