یکی از طرح های مکمل نامبرده شده در نقشه جامع پژوهش المصطفی، نظام مسائل و موضوعات پژوهشی المصطفی است که به مثابه روح نظام جامع پژوهش، تعیین و تبیین چشم انداز محتوایی برنامه ها و فعالیت های پژوهشی المصطفی را بر عهده دارد. این کلان پروژه در حال حاضر در پژوهشگاه در حال طی مراحل مقدماتی بوده و به زودی جمع آوری و تحلیل داده های مرتبط به آن آغاز خواهد شد.