جامعه المصطفی(ص) العالمیه در راستای تحولات و پیشرفت های علمی و معرفتی جهان اسلام وبروزرسانی محتوا و برنامه های آموزشی در صدد برآمد با توجه به نیاز های علمی جهان اسلام، به طراحی جدیدی بپردازد، از این روی به حوزه های دانشی نوینی دست یافت و به تکمیل گرایش های مختلف در دوره های کارشناسی، ارشد و دکتری پرداخت. طرح «آموزش المصطفی(ص)» در پژوهشگاه به سیر تاریخی، تطورات و چشم اندازاین مهم، اشاره می کند.
مراحل سه گانه این طرح عبارتند از:
1- مرحله اول: توصیف وضعیت گذشته و حال
الف) از جهت تاریخی (تاریخجه و تطورات )
در این بخش تمامی فعالیت‌ها گردآوری، دسته‌بندی و ثبت می‌گردد. کليه فعالیت‌های آموزشی، که از آغاز شکل‌گیری جامعة المصطفي(ص) تا کنون انجام شده است. يعني از زمان تأسيس آموزش طلاب غير ايراني از سال 1358 تا سال 1396 را در بر مي‌گيرد. این گستره زمانی در قالب سه دوره زماني قابل تحقق است:
دوره 1: فعالیت‌هایی که در دوره‌ای با عنوان «شوراي سرپرستي» انجام شده است.
دوره 2: فعالیت‌هایی که در دوره تفکیک «سازمان حوزه‌ها و مدارس علمیه خارج از کشور» و «مرکز جهانی علوم اسلامی» انجام شده است. در این دوره فعالیت‌های هر یک از دو مرکز به طور جداگانه مورد توصیف قرار می‌گیرد. در این دوره فعالیت‌ها و تحولات برنامه‌اي و مديريتي در مرکز جهاني علوم اسلامي که خود شامل سه مقطع می‌شود:
1-2) تحولات تا سال 1380
2-2) تحولات از سال 1380 تا 1386 (دوره هيأت امناي مشترک دو مرکز و قبل از ادغام آنها)
دوره 3: تدوین فعالیت‌ها پس از تشکيل جامعة المصطفي(ص) (ادغام دو مجموعه سازمان مدارس و مرکز جهاني).
ب) از جهت محتوایی
در طرح آموزش المصطفي به لحاظ محتوایی، کليه فعاليت هاي آموزشي شامل بخش‌های آموزشي داخل و خارج از کشور درجامعۀ المصطفی(ص) است که عبارتند از: پذیرش، حوزه‌هاي دانشي، رشته‌ها و برنامه درسي و سرفصل‌های آن، آموزش‌های کوتاه مدت، آموزش خواهران، آموزش مذاهب، متون آموزشي، جزوه‌هاي درسي وطرح هاي کاربردي و بنيادين ونشست هاي علمي، طرح‌هاي مربوط به دانش آموختگان و هر آن‌چه که در عرصه آموزشي مطرح مي‌شود، مورد بررسي قرار مي‌گيرد.
2-مرحله دوم: تجزیه و تحلیل اسناد
در این مرحله تمامی داده‌های خام و اسناد اولیه که گردآوری شده‌اند به صورت توصيفي مورد تجزیه و تحلیل قرار مي گيرد. این طرح در ضمن تحلیل، به سولات ذیل نيزپاسخ می دهد. چرا درجامعة المصطفي(ص) مدرک داخلی داده شده است، طراحی مدرک تحصیلی برای چه بود و چقدر کاربرد بين‌المللي داشت؟ چرا به سمت رسميت بخشي مدارک تحصيلي پيش رفت؟ چرا رشته‌های آموزشی طراحی شد؟ تنوع رشته ها، علوم انسانی چرا و به چه ضرورت. چگونگی توجه به حوزه مدرن؟
در تحلیل اين طرح از کارهای گذشته و تعلیل‌هایي که دیگرمتوليان امر آموزش در جامعة المصطفي(ص)، ذکر کرده‌اند، استفاده شده است و از محتوای اسناد و مصاحبه با کارشناسان نيز بهره گرفته شد.
3- مرحله سوم: ارائه پیشنهادات، وترسیم چشم انداز
در این مرحله بر اساس تحلیل‌های انجام گرفته، پیشنهادات برای برنامه‌های آموزشي آینده طبق اسناد به دست آمده، ارائه می‌گرددو چشم‌‌انداز و تحولات آتي جامعة المصطفي(ص) با استفاده از داده‌ها ي آموزشي تنظيم مي‌شود.
هدف‌هايي که در اين طرح دنبال مي‌شود عبارتند از:
-گردآوری، و تحليل کليه فعالیت‌های آموزشي، جامعۀ‌المصطفی(ص) از بدو تأسيس تا کنون
– ثبت سیر تحولات نظام آموزشي از آغاز تا کنون در جامعة المصطفي(ص)
– برجسته‌سازي پیشگامی المصطفی(ص) در پاره‌ایی از تحولات آموزشی حوزوي
– یافتن فرصت‌ها و تهديدها ي فعالیت آموزشي جامعة المصطفي(ص)
– کمک به ارائه چشم انداز آموزشي جامعة المصطفي(ص)
– نشان دادن فعالیت‌ها و نقش مراکز شیعی و عالمان شیعه در گسترش علوم اسلامي و انساني
در این پژوهش از دو روش تاریخی اسنادي و توصیفی استفاده می‌شود. در روش تاریخی اسنادي تاریخچه، گزارش فعالیت‌ها واسناد آرشیوي بخش‌های مختلف آموزشي و تمامی اسناد مکتوب گردآوری، تحلیل و نتيجه‌گيري می‌شود. با استفاده از روش توصیفی تجربیات، اندوخته‌ها و دانش‌های مدیران ومتخصصين مربوطه از طریق مصاحبه و پرسشنامه گردآوری و تحلیل می‌شود.