این پژوهشکده با مأموریت شناسایی، پایش و تحلیل علمی جریان های فرهنگی، اجتماعی و دینی در کشورهای مختلف برای روزآمدسازی و جامع نگری راهبردها و برنامه های جامعه المصطفی العالمیه  در کشورهای مختلف متناسب با واقعیت ها و تحولات بین المللی تأسیس و راه اندازی شده است. پژوهشکده مطالعات منطقه ای از 5 گروه علمی با عنوان های «مطالعات آمریکا و اروپا، مطالعات آسیا و اقیانوسیه، مطالعات آفریقا و عربی ، مطالعات جهانی و مطالعات شیعیان، روحانیت و حوزه‌های علمیه» تشکیل شده است. 15 نفر عضو هیأت علمی و پژوهشگر همکار در این پژوهشکده مشغول به پژوهش هستند.