مأموریت و راهبرد محوری پژوهشکده علوم اسلامی، تولید علم و اندیشه در رشته های مختلف علوم اسلامی به منظور تبیین گفتمان انقلاب اسلامی در عرصه بین الملل و نیز پشتیبانی علمی از بخش آموزشی جامعه المصطفی العالمیه می باشد. این پژوهشکده دارای شش گروه علمی با عنوان « فقه و اصول، قرآن و حدیث، کلام و مذاهب، تاریخ و سیره، فلسفه و عرفان و مهدویت» می باشد. 18 نفر عضو هیأت علمی و پژوهشگر همکار در این پژوهشکده مشغول به پژوهش های اسلامی هستند.