پژوهشگاه بین المللی المصطفی(ص) یکی از مراکز مهمی است که وظیفه دارد برای تاثیرگذاری در روند توسعه همه‌جانبه نظام جمهوری اسلامی ایران و حوزه علمیه قم، با تمرکز بر تامین نیازهای معرفتی انسان معاصر در عرصه بین‌الملل نظریه‌هایی علمی تولید کند.
این پژوهشگاه نهادی است علمی – پژوهشی با هویت حوزوی که برای تولید، تبیین و تعمیق اندیشه دینی و قرآنی و توسعه نظریه‌های اسلامی در عرصه‌های گوناگون نیازهای جامعه المصطفی(ص) و مخاطبان آن را تامین کرده و تلاش دارد تا به کمک محققان ایرانی و غیرایرانی متعهد، متخصص، انقلابی، خلاق، زمان‌شناس، آینده‌نگر و دارای بینش جهانی؛ به روش اجتهادی حوزوی از تجارب بشری و فناوری‌های نوین پژوهشی بهره گیرد و از راه تحقیق، مدیریت پژوهشی، تولید و بازتولید دانش و نیز تربیت محقق در حوزه علوم اسلامی و انسانی درمیدان‌های علمی و اجتماعی تاثیرگذار و جریان‌ساز باشد.