پژوهشگاه بین المللی المصطفی(ص) در سال 1386 پس از تلفیق دو نهاد پژوهشکده سازمان مدارس خارج از کشور و پژوهشکده نور، تأسیس گردید و هم اکنون با پنج پژوهشکده مشغول فعالیت می باشد. پژوهشگاه بین المللی المصطفی(ص) در راستای مأموریت بنیادین جامعه المصطفی(ص) العالمیه در تولید علم و اندیشه در حوزه علوم اسلامی و انسانی و پاسخگویی به نیازهای پژوهشی جامعه المصطفی(ص) و سایر مراکز علمی – پژوهشی در عرصه بین‌الملل، تأسیس گردیده است.