این پژوهشکده با مأموریت شناسایی، پایش و تحلیل جریان های علمی و تبلیغی در ادیان و فرق مختلف و زمینه سازی برای برقراری گفتگوهای بین ادیانی در سال 1393 راه اندازی گردید. انجام پژوهش های ساختارمند و راهبردی، تولید علم و اندیشه و پشتیبانی علمی از فعالیت های آموزشی المصطفی از طریق مشارکت در تولید کتب آموزشی و کمک آموزشی در حوزه های ادیان و فرق از دیگر وظایف این پژوهشکده می باشد. پژوهشکده ادیان و فرق از 3 گروه علمی با عنوان های «ادیان ابراهیمی، ادیان شرق و فرق نوپدید» تشکیل شده است. 15 نفر عضو هیأت علمی و پژوهشگر همکار در این پژوهشکده مشغول به پژوهش هستند.