این معاونت مدیریت تولید، خدمات و پشتیبانی های پژوهشی در پژوهشگاه را بر عهده دارد. این مأموریت با برنامه ریزی، هماهنگی، نظارت و ارزیابی در اجرا و انتشار طرح های پژوهشی، کتاب ها، گزارش های علمی، نشریات، همایش ها، جشنواره بین المللی پژوهشی شیخ طوسی(ره)، کرسی ها و نشست های علمی و کتابخانه مرکزی جامعه المصطفی العالمیه پیگیری و محقق می گردد. این معاونت از ادارات و گروه های مختلف با عناوین «گروه برنامه ریزی و ارزیابی، گروه منشورات، همایش ها و جشنواره ها، اداره فن‌آوری و اطلاعات، اداره کتابخانه مرکزی و اداره بانک اطلاعات و فهرست نویسی» تشکیل گردیده است.