به منظور ارتقاء کیفی و عمق بخشی به آثار علمی پژوهشگاه اعم از کتاب‌ها، نشریات، نشست‌ها، همایش‌ها و جشنواره شیخ طوسی(ره) ، شورایی دربرگیرنده رؤسای پژوهشکده‌ها و دفاتر مطالعاتی، معاونین پژوهشگاه و شخصیت‌های برجسته علمی عضو یا مدعو، طراحی و تشکیل شده است که جلسات آن به ریاست رئیس پژوهشگاه هر هفته برگزار می‌گردد. این شورا بازویی توانمند در پیشبرد اهداف علمی و فرهنگی پژوهشگاه در راستای سیاست‌ها و اهداف کلان جامعه المصطفی(ص) العالمیه و نظام مقدس جمهوری اسلامی است. در جلسات این شورا سیاست‌ها و چارچوب‌های کلان علمی و نیز تک تک آثار و تولیدات علمی پژوهشگاه مورد بررسی و مداقه قرار می‌گیرد. هر اثر علمی ممکن است در طی مراحل و فرآیند تولید چندین بار به منظور نظارت، بازنگری و انجام اصلاحات لازم در جلسات شورای علمی مورد بحث و بررسی قرار می‌گیرد. حاصل این دقت و و تلاش مستمر تولید آثاری فاخر و ارزشمندی است که بسیاری از آن‌ها به عنوان متون آموزشی در سطوح و مقاطع مختلف تحصیلی مورد بهره‌برداری قرار می‌گیرد.