رئیس پژوهشگاه بین المللی المصطفی که از میان مدیران عضو هیأت علمی جامعه المصطفی(ص) و دارای سوابق و تجربیات در حوزه پژوهش و عرصه بین الملل توسط ریاست جامعه المصطفی(ص) تعیین و منصوب می گردد ضمن مدیریت کلان و راهبردی پژوهشگاه برای رسیدن به اهدف و تحقق مأموریت ها، برخی از طرح های کلان پژوهشگاه را مستقیما مدیریت و راهبری می نماید.