جامعه المصطفی(ص) العالمیه در راستای تحولات و پیشرفت های علمی و معرفتی جهان اسلام وبروزرسانی محتوا و برنامه های آموزشی در صدد برآمد با توجه به نیاز های علمی جهان اسلام، به طراحی جدیدی بپردازد، از این روی به حوزه های دانشی نوینی دست یافت و به تکمیل گرایش های مختلف در دوره های کارشناسی، ارشد و دکتری پرداخت. طرح «آموزش المصطفی(ص)» در پژوهشگاه به سیر تاریخی، تطورات و چشم اندازاین مهم، اشاره می کند.

مراحل سه گانه این طرح عبارتند از:
1- مرحله اول: توصیف وضعیت گذشته و حال
الف) از جهت تاریخی (تاریخجه و تطورات )
در این بخش تمامی فعالیت‌ها گردآوری، دسته‌بندی و ثبت می‌گردد. کلیه فعالیت‌های آموزشی، که از آغاز شکل‌گیری جامعة المصطفی(ص) تا کنون انجام شده است. یعنی از زمان تأسیس آموزش طلاب غیر ایرانی از سال 1358 تا سال 1396 را در بر می‌گیرد. این گستره زمانی در قالب سه دوره زمانی قابل تحقق است:
دوره 1: فعالیت‌هایی که در دوره‌ای با عنوان «شورای سرپرستی» انجام شده است.
دوره 2: فعالیت‌هایی که در دوره تفکیک «سازمان حوزه‌ها و مدارس علمیه خارج از کشور» و «مرکز جهانی علوم اسلامی» انجام شده است. در این دوره فعالیت‌های هر یک از دو مرکز به طور جداگانه مورد توصیف قرار می‌گیرد. در این دوره فعالیت‌ها و تحولات برنامه‌ای و مدیریتی در مرکز جهانی علوم اسلامی که خود شامل سه مقطع می‌شود:
1-2) تحولات تا سال 1380
2-2) تحولات از سال 1380 تا 1386 (دوره هیأت امنای مشترک دو مرکز و قبل از ادغام آنها)
دوره 3: تدوین فعالیت‌ها پس از تشکیل جامعة المصطفی(ص) (ادغام دو مجموعه سازمان مدارس و مرکز جهانی).

ب) از جهت محتوایی
در طرح آموزش المصطفی به لحاظ محتوایی، کلیه فعالیت های آموزشی شامل بخش‌های آموزشی داخل و خارج از کشور درجامعۀ المصطفی(ص) است که عبارتند از: پذیرش، حوزه‌های دانشی، رشته‌ها و برنامه درسی و سرفصل‌های آن، آموزش‌های کوتاه مدت، آموزش خواهران، آموزش مذاهب، متون آموزشی، جزوه‌های درسی وطرح های کاربردی و بنیادین ونشست های علمی، طرح‌های مربوط به دانش آموختگان و هر آن‌چه که در عرصه آموزشی مطرح می‌شود، مورد بررسی قرار می‌گیرد.

2-مرحله دوم: تجزیه و تحلیل اسناد
در این مرحله تمامی داده‌های خام و اسناد اولیه که گردآوری شده‌اند به صورت توصیفی مورد تجزیه و تحلیل قرار می گیرد. این طرح در ضمن تحلیل، به سولات ذیل نیزپاسخ می دهد. چرا درجامعة المصطفی(ص) مدرک داخلی ‌داده شده است، طراحی مدرک تحصیلی برای چه بود و چقدر کاربرد بین‌المللی داشت؟ چرا به سمت رسمیت بخشی مدارک تحصیلی پیش رفت؟ چرا رشته‌های آموزشی طراحی شد؟ تنوع رشته ها، علوم انسانی چرا و به چه ضرورت. چگونگی توجه به حوزه مدرن؟
در تحلیل این طرح از کارهای گذشته و تعلیل‌هایی که دیگرمتولیان امر آموزش در جامعة المصطفی(ص)، ذکر کرده‌اند، استفاده شده است و از محتوای اسناد و مصاحبه‌ با کارشناسان نیز بهره گرفته شد.

3- مرحله سوم: ارائه پیشنهادات، وترسیم چشم انداز
در این مرحله بر اساس تحلیل‌های انجام گرفته، پیشنهادات برای برنامه‌های آموزشی آینده طبق اسناد به دست آمده، ارائه می‌گرددو چشم‌‌انداز و تحولات آتی جامعة المصطفی(ص) با استفاده از داده‌ها ی آموزشی تنظیم می‌شود.
هدف‌هایی که در این طرح دنبال می‌شود عبارتند از:
-گردآوری، و تحلیل کلیه فعالیت‌های آموزشی، جامعۀ‌المصطفی(ص) از بدو تأسیس تا کنون
- ثبت سیر تحولات نظام آموزشی از آغاز تا کنون در جامعة المصطفی(ص)
- برجسته‌سازی پیشگامی المصطفی(ص) در پاره‌ایی از تحولات آموزشی حوزوی
- یافتن فرصت‌ها و تهدیدها ی فعالیت‌ آموزشی جامعة المصطفی(ص)
- کمک به ارائه چشم‌ انداز آموزشی جامعة المصطفی(ص)
- نشان دادن فعالیت‌ها و نقش مراکز شیعی و عالمان شیعه در گسترش علوم اسلامی و انسانی
در این پژوهش از دو روش تاریخی اسنادی و توصیفی استفاده می‌شود. در روش تاریخی اسنادی تاریخچه، گزارش فعالیت‌ها واسناد آرشیوی بخش‌های مختلف آموزشی و تمامی اسناد مکتوب گردآوری، تحلیل و نتیجه‌گیری می‌شود. با استفاده از روش توصیفی تجربیات، اندوخته‌ها و دانش‌های مدیران ومتخصصین مربوطه از طریق مصاحبه و پرسشنامه گردآوری و تحلیل می‌شود.