عضویت در این کتابخانه مخصوص طلاب، اساتید، اعضای هیئت علمی، پژوهشگران و همکاران المصطفایی است. در حال حاضر از تمامی مراکز آموزشی، تربیتی، پژوهشی یا اداری جامعه المصطفی در این کتابخانه عضو بوده و از خدمات آن استفاده می کنند.

کتابخانه جامع المصطفی در حال حاضر حدود 3000  عضو دارد که به طور متوسط در هر روز بین 300 تا 700 نفر از آنها به کتابخانه مراجعه می کنند.